文件夹加密软件的系统架构是加密模块采用服务器、管理机、客户端三层C/S架构模式，然后逐级分层管理，确保系统灵活可靠。这样文件实时加密均在客户端实现，不占用服务器资源和网络资源。服务器、管理机和客户端的各层之间时刻能保持通讯，以维持信息的传递，但是通讯量却又非常小，不会占用太多网络带宽，更不会造成网络的阻塞。这是一种很适合大并发的用户数的一种架构模式。